Gli ambienti del museo si integrano negli spazi della Chiesa in cui si trovano la
Deposizione di Simone Peterzano, maestro di Caravaggio, e la Visione della Storta di S. Ignazio del Cerano. Oltre ai reliquari del Settecento e dell’Ottocento che si trovano nella saletta sotto l’altare maggiore, numerosi oggetti liturgici antichi (crocifissi, calici, cartaglorie e reliquiari) sono raccolti in una stanza adiacente alla cripta, dove si può ammirare una raccolta quasi unica delle
reliquie di tutti i santi dell’anno, una per giorno, a testimonianza della venerazione per chi incarna nella propria vita i valori evangelici.